土木工程与建筑学院海洋工程系成立于2017年，设有港口航道与海岸工程专业（2014年开始招生），拥有福建省首个波浪水槽实验室，用于学生培养、科学研究与社会服务。本专业核心课程为理论力学、材料力学、结构力学、水力学、土力学、工程制图、CAD制图、工程水文学、河流动力学、海岸动力学、航道整治、混凝土结构设计原理、港口规划与布置、港口水工建筑物、水运工程施工。并承担土木工程专业、工程力学专业的流体力学基础课程的教学工作。
海洋工程系现有专业教师7人，其中教授1人，副教授2人，讲师4人；博士7人。同时，聘请多名知名专家和学者担任客座教授或兼职教授，以指导专业建设和学科指导，提升人才培养质量。
海洋工程系积极进行科学研究和教学研究，获得国家级和省部级项目、及横向科研项目20余项，科研经费近1500万元。获得国家专利20余项，其中发明专利4 项；发表学术论文70余篇，其中SCI、EI收录20余篇；获得教研教改项目、课程建设项目、大学生创新项目5项。